Ngày 25/2/1995, ông chính thức mua lại CLB Inter và trở thành chủ tịch CLB như chính cha ông trước đó.
Những năm đầu làm chủ tịch đội bóng là quãng thời gian hết sức khó khăn với Moratti, ông đã đầu tư rất nhiều cho đội bóng nhưng không thu lại được kết quả khả quan, trừ chiếc UEFA Cup 1997-98.
Tháng giêng năm 2004, Moratti từ chức chiếc ghế chủ tịch Inter, và Facchetti đã lên thay ông.
Từ ngày 6/11/2006, ông đã quay lại trở thành chủ tịch Inter sau khi cố chủ tịch Facchetti qua đời.
Sau Calciopolo diễn ra năm 2006, là thời kì thành công nhất của Moratti với Inter. Trong sáu năm (2004-2010) Inter giành được mười bốn danh hiệu: năm chức vô địch quốc liên tiếp từ 2006 đến 2010, ba cúp quốc gia Ý, bốn Siêu Cúp Ý, một chiếc cúp Champions League và một chiếc Cup World Club, đó là một sự thành công hết sức tuỵêt vời của Massimo như chính người cha Angelo của mình cách đây 45 năm.
